zxcv писал(а):- программирование на Linux это исключение из правил?
Почему же исключение? Это, скорее, правило

: очень многие (большинство?)
долгоживущих публичных проектов, которые на слуху ... которые вы сами по имени знаете

ни создавались и развиваются именно в Linux, а потом только переносятся (портируются) в Windows и другие ОС.
Из старых - это Apache, MySQL, Postgres и мн. др., из новых ... все коммуникационные SIP сервера, например: Asterisk, FreeSwitch.
Если говорить о программировании как своей профессиональной деятельности, то запомните
самое главное правило 
: предложений вакансий программистам под Linux будет в 10 раз меньше, чем под Windows, но уровень предлагаемой по ним оплаты - в 2 раза выше ... а то и более.
zxcv писал(а):- на каких языках программируют на Linux чаще, или это личное предпочтение?
На очень многих... Под Linux реализованы
практически все из существующих языков программирования.
Используются широко в коммерческих и свободных проектах до 2-х десятков.
См. здесь:
Сравнительное обозрение языков программирования - там включены только языки, используемые в реальных проектах последних пары лет.
zxcv писал(а):- если искать работу владея php,html, JavaScript, скорей всего на какой системе придется работать?
См. здесь рядом в теме:
Программисты: работа и оплата.
Выбор языка для профессиональной работы - это ещё и дело предпочтений ... есть некоторый люфт...
Но можно примерно руководствоваться следующим:
- репетируйте программировать в Linux

- после это вы в Windows всегда совладаете;
- на сегодня сильно спросовый JavaScript ... но это вряд ли сильно долго продержится;
- если кого интересует направление Java (самое высокооплачиваемое на сегодня), то я бы смотрел на завтра не в сторону Java, а в сторону Scala (почти совместимо с Java);
- когда меня спрашивают на семинарах какие языки следовало бы изучить ... на завтра

, я называю: Python и Go ...
- учите Go - не промахнётесь.
Вот троица ... достаточная до вашей безбедной старости

: Java/Scala, Python, Go.